Wiarygodność badań prowadzonych przez wykrywacz kłamstw oceniana jest różnie. Niektórzy twierdzą, że wariograf bardzo łatwo oszukać, inny uważają go za jedyny i niezawodny sposób poznania prawdy. Racja jak zwykle jest gdzieś pośrodku. Wiarygodność takich badań jest dość duża pod warunkiem, ze zostaną spełnione odpowiednie przesłanki. Pierwsza nich to właściwa i sprawnie działająca aparatura. Współczesne wariografy dają na pewno znacznie większa pewność, niż te stosowane kilkadziesiąt lat temu. Najnowsze modele, poza zapisywaniem rytmu serca i oddechu, wykorzystują również neuroobrazowanie fal mózgowych. Takie wariografy dostępne są jednak głównie w instytutach naukowych i nie doczekały się jeszcze komercjalizacji. Kolejnym ważnym (a może nawet ważniejszym) elementem jest osoba przeprowadzająca badanie, a następnie interpretująca jego wyniki. Ważny jest zarówno sposób zadawania pytań jak i ich kolejność. Standardowo przyjmuje się, że badanie powinno składać się z części wstępnej, w czasie których ustala się reakcje organizmu podczas składania odpowiedzi prawdziwych i fałszywych na pytania na które odpowiedzi są powszechnie znane. Ta część będzie podstawą analizy reakcji badanego podczas udzielani odpowiedzi na pytania właściwe. W niektórych przypadkach różnice w reakcjach są tak niewielkie, że nie pozwalają na jednoznaczną interpretację. Duże znaczenie mają również warunki w których przeprowadzane jest badanie. Badany nie może doświadczać bólu lub niewygody, nie może być również zastraszany, czy rozpraszany. Nie skupia się wtedy w e właściwym stopniu na pytaniu, stąd niemożliwe jest ocenienie, czego dotyczyła reakcja. Na wiarygodność badań wpływa również stan zdrowia badanego. Niektóre schorzenia powodują odmienne reakcje organizmu i tym samym nie można takiej osoby poddać badaniu wariografem. Niewiarygodne są też badania przeprowadzane na osobach znajdujących się pod wpływem alkoholu, narkotyków, substancji odurzających, leków psychotropowych oraz innych środków wpływających na postrzeganie i ocenę rzeczywistości.